אחד ממוקדי הטיפול המרכזיים בכפר הינו המשפחה. המשפחה היא קבוצת ההתייחסות הראשונית והמשמעותית ביותר של כל אדם והיא יכולה להיות מחד, מקור למורכבות גדולה ומאידך, לתמיכה, העצמה וגיבוי. 

הטיפול המשפחתי בכפר איזון מתמקד במשפחה כמערכת ורואה אותה כ”מטופל” ולא רק את המטופל השוהה בכפר.
הניסיון הקליני המצטבר בכפר מראה שהתערבות משפחתית שמתמקדת במערכות היחסים המשפחתיות בעבר ובהווה, הדפוסים המשפחתיים הדומיננטיים, מערך האמונות, השפה ויחסי הגומלין הייחודיים של המשפחה, יכולה להיות משמעותית ביותר: החל משיפור מצבו המשברי של המטופל, בעזרה ביכולת להתמיד בהינזרות השימוש בחומרים פסיכו־אקטיביים ועד היכולת לשמש מקור עוצמתי לתמיכה בהמשך. אולם לא פחות חשוב מכך, המשבר האישי של אדם הוא בדרך כלל גם משבר משפחתי גדול. הטיפול המשפחתי בכפר מאפשר מקום לכל המשפחה לעבד ולהתמודד עם מה שעברו במהלך המשבר.

הטיפול המשפחתי בכפר מהווה נדבך חשוב במערך הטיפולי ההוליסטי והוא מתקיים בתדירות של פעם בשבוע אליו מוזמנים הורים, בני זוג, אחים או אחרים משמעותיים שעולה צורך לשלבם בטיפול. בד בבד עם התערבות שמכוונת לזיהוי ושינוי דפוסי יחסים משפחתיים מורכבים, הטיפול המשפחתי מאפשר למשפחה לקחת חלק בעולמו הפנימי של המטופל, קשייו ואתגריו (באופן שמותאם לפרטיותו ולצרכיו), כמו גם לקחת חלק בשיקומו של המטופל.